临济禅黄檗宗的兴起，极大地影响了日本寺院的建筑风格，使其向中国明代的寺庙规格转化，由以经堂、讲堂为主，变为天王殿、大雄宝殿、法堂、走廊等多种建筑组合，到处还有楹联和匾额。此外，隐元隆琦还从中国请来多名雕塑工匠，例如方三官、范道生、林高龙、吴真君等。这些雕塑方面的能工巧匠在寺庙中安置的佛像，栩栩如生，风格奇特，为日本许多佛教寺庙所仿造，进一步扩大了黄檗宗的影响。不仅如此，隐元隆琦以及来日本的其他黄檗山万福寺的僧人，几乎都精于书画，他们来到日本后，也把具有黄檗山风格的书法绘画艺术带到了日本，影响了日本的书法界和绘画界，促进了日本书法绘画的发展。
明末清初寓居日本的中国人，还有陈明德、王宁宇、戴笠等医学家。陈明德是杭州人，擅长小儿科，到日本后改名颍川入德，写了《心医录》等专著。王宁宇在顺治年间来到日本，他的医术影响了许多日本人。由于他别号五云子，所以一些医者的药包也称为五云子包。戴笠字曼公，到日本后改名独立。他精通医学，把治痘的医术传给了日本的学子，对日本医学的发展做出了贡献。