但是，随着时间的推移，形势对起义军越来越不利。英军不断得到增援并拦击德里周围各路起义军，使德里日益陷于孤立无援的境地。城内粮食不足，起义军财政供应发生很大困难，各地来此的部队为款项分配时常发生纠纷，再加上起义军中的语言隔阂、宗教和种姓间的矛盾，来自四面八方的起义军大都各行其是，使起义军内部裂痕加深。皇帝参加起义本来就出于勉强，并一直与英国人保持联系，王公贵族同英国勾结，从内部瓦解起义军，逼走了大量起义战士。到9月初，德里城内保卫者只剩下1.2万人。9月14日，英军在做好充分准备后，分五路向德里发起总攻。在英军用重炮轰开城墙蜂拥入城后，起义军在人民支持下实行巷战。经过6天6夜反复争夺，英军死亡5000人，4名司令官中有2名被击毙，2名受伤。9月19日深夜，起义军在巴克特汗率领下撤出德里。皇帝巴哈杜尔沙二世没有接受起义军的随军突围劝告，被英军俘获。3个皇子当即被处死。皇帝本人被押往缅甸，1858年死于仰光狱中。莫卧儿帝国至此寿终正寝。[11]德里陷落后，英军纵兵3天，烧杀抢掠，尸体枕藉，血流成河，德里变成一座死城。
勒克瑙起义
德里失陷后，起义中心转向奥德首府勒克瑙。从德里撤出的起义军集中在此。9月下旬，一支英军突入城内，但被起义军围在里面。11月中旬，英军总司令科林·坎贝尔亲自指挥援军，从康浦尔出发，进攻勒克瑙。经过6天激战，英军付出了极大代价，与城内被困英军会师。但市区仍控制在起义军手中。这时，坦地亚·托比率领的2万起义军与那那·萨希布的军队会师，攻占了康浦尔。11月24日，坎贝尔匆忙率领军队从勒克瑙撤向康浦尔，双方展开激烈的争夺战。11月30日，经过6天激战，坦地亚·托比战败，撤回卡尔比，康浦尔再次陷落。从此，勒克瑙与中印度起义军的联系被切断。1858年3月，坎贝尔集中9万大军再次向勒克瑙大举进攻。起义军与敌人短兵相接，殊死战斗，抗击敌人20天之久，最后被迫撤出勒克瑙。勒克瑙陷落后，同样遭到英军的杀戮和洗劫，仅抢走的财物就达600万英镑。