马皇后还善于处理复杂的人际关系，也帮助朱元璋解决不少难题。一个人一旦做了皇帝，就很容易骄横霸道、蛮横刁钻，朱元璋也不例外。他在朝堂上处理政事，有时候会因为一点小事就勃然大怒，严厉指责大臣们。后来，马皇后看到了，当场不语，回到家中，便婉转地劝说朱元璋。因为她了解朱元璋的脾气，他一旦发怒，就会不管三七二十一，斩杀大臣们。为了不酿成严重的后果，马皇后每次都会等朱元璋心情平静了，才会劝说他。经过马皇后的再三劝解，朱元璋每次遇到这样的问题，就会想起马皇后的告诫。为此，马皇后救了不少大臣的性命。
当时，有一名封疆大吏名叫郭景祥。在担任和州知州的时候，不知道他得罪了什么人，有人揭发说：“郭景祥有一个儿子，曾经手持长枪要杀自己的父亲，肯定是他做了什么不好的事情。”朱元璋听后大怒，当场就下令要处死这样的逆子。这时候马皇后不急不躁地说：“据调查，郭景祥只有一个儿子，如果杀了他的儿子，就等于断了郭景祥的后代了，这样的传言也许并不可靠。”后来，朱元璋派人去调查，发现果然是一些人的谣言，要不是马皇后的劝说，郭家或许就真的家破人亡了。