过了很久，周兴和来俊臣等人弄得天怒人怨，武则天就又起用了徐有功，让他任左台侍御史。当时，远近的人们听说徐有功又被授予官职，都高兴地相互庆贺。
后来，润州刺史窦孝谌的妻子庞氏被家中的仆人诬告，说她在夜间暗自祈求上天为李氏赐福，恢复李唐王朝，武则天及早退位。武则天命给事中薛季昶审理这一案件。薛季昶使用酷刑，迫使庞氏屈招，将庞氏定成死罪，处以斩刑。
徐有功知道这又是冤案，便在朝廷上当众辩明庞氏无罪，纯属窦家奴仆挟怨诬陷。薛季昶怀恨在心，反而诬陷徐有功与庞氏勾结谋逆，奏请武则天交付法司审理。法司审讯徐有功，定为斩刑，斩首示众。徐有功刚刚复职就被定成死罪，令史流着泪把定罪的结果告诉徐有功，徐有功说：“难道只有我死，那些害人的酷吏就永远不会死吗？”于是慢慢地站起身回家。
武则天看了法司处治徐有功的奏章，召见徐有功而责问道：“您过去所断的案子，为什么失误这样多呢？对犯人那样宽容呢？”徐有功回答道：“出现失误，是我的小过失，最多惩罚我一个人；保全了人的性命，是圣人的大德，那是为陛下积德啊！希望陛下弘扬好生之大德，那么天下人就非常幸运了。”