李自成占据北京后，第一件事就是搜查崇祯及太子等人的下落。太子、永王、定王不久就被找到了，可是有关崇祯的下落，问遍了宫女和太监，根本就没人知道。李自成只得下令“献帝者赏万金，封伯爵，匿者夷族”。直到三月二十一日，人们才在煤山发现了崇祯和王承恩的遗体，据说李自成对崇祯这个老对头的遗体叹息说：我来是想和你共坐江山的，奈何你却自寻短见。事实上这只可能是据说而已，忙于登基当皇帝的李自成，根本没有兴趣去看什么崇祯遗体。这位前朝亡国之君的遗体被草草安放在一方薄皮柳木棺材中，几天后，出于安定人心的需要，李自成方才下令用帝王之礼安葬了崇祯和周皇后。
从对待太子的态度看，李自成倒显示出了胜利者的胸襟。三月十八日夜晚和父皇洒泪而别后，太子即遵父命逃出紫禁城。此后，他前去投奔嘉定伯周奎——也就是他的外祖父。胆小怕事的外祖父却闭门不纳，太子只得暂时隐藏在太监的外舍里，后来被太监出卖，把他交给了李自成。